Tomás e a Sombra da Inquisição é uma aventura intensa e misteriosa que leva Tomás e o inseparável Miguel até uma das épocas mais sombrias da História de Portugal: a Inquisição Portuguesa.
Tudo começa quando um estranho manuscrito proibido desperta novamente os portais do tempo. Em segundos, os dois amigos são arrastados para um mundo dominado pelo medo, pela censura e pela perseguição do conhecimento.
Nas ruas silenciosas de uma cidade aterrorizada pelo Santo Ofício, Tomás e Miguel descobrem que algo ainda mais perigoso se esconde por trás da Inquisição: uma força temporal capaz de apagar pessoas, livros e memórias da própria História.
Ao lado de aliados inesperados, como o estudioso Gabriel e a misteriosa guardiã Beatriz de Montemor, os dois amigos terão de enfrentar criaturas feitas de esquecimento e impedir que o lendário Arquivo das Sombras caia nas mãos erradas.